Спасибо Алексею Саловатову за наводку на этот незаметный баг. Он уже исправлен, завтра выложу исправленную версию установщика для всех.
Суть проблемы состояла в том, что когда в папке сайта, куда хотим установить или обновить движок, по какой-то необходимости была создана ранее символическая ссылка на одну из папок сайта, то скрипт установки, пытаясь анализировать структуру файлов, уходит по этой ссылке в бесконечную рекурсию и зависает.
Например, папка A содержит папку B, та в свою очередь содержит символическую ссылку C, ведущую на папку A. Получается кольцо.
Пояснение: в Unix-системах, на базе которой работает подавляющее количество хостинговых серверов в интернете, символическая ссылка - это примерно то же, что ярлык в Windows-системах.